Berdasarkan dengan Pasal 8 Ayat 1 Peratuan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 77 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, maka struktur KKP Kelas II Balikpapan adalah sebagai berikut:

Kepala

Kepala KKP merupakan pimpinan dari susunan organisasi kantor kesehatan pelabuhan. Kepala KKP menyampaikan laporan kepada Direktur Jenderal mengenai hasil pelaksanaan tugas dan fungsi KKP secara berkala atau sewaktu-waktu sesuai kebutuhan.

Subbagian Administrasi Umum

Subbagian administrasi umum mempunyai tugas melakukan koordinasi penyusunan rencana, program, dan anggaran, pengelolaan keuangan dan barang milik negara, urusan kepegawaian, organisasi dan tata laksana, dan hubungan masyarakat, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan, kearsipan, persuratan, dan kerumahtanggaan KKP kelas II

Kelompok jabatan fungsional

Kelompok jabatan fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi Kepala KKP sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan.

Wilayah Kerja

Wilayah Kerja KKP merupakan unit pelayanan nonstruktural yang berada di bawah & bertanggung jawab kepada Kepala KKP dan dipimpin oleh Koordinator Wilayah Kerja.  Koordinator Wilayah Kerja dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh pejabat fungsional.

Instalasi

Instalasi merupakan unit pelayanan nonstruktural yang berada di bawah & bertanggung jawab kepada Kepala KKP dan dipimpin oleh Kepala Instalasi. Kepala Instalasi dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh pejabat fungsional. Kepala instalasi diangkat dan diberhentikan oleh kepala KKP.