Sebagai salah satu pelaksanaan Undang-Undang No. 14 tahun 2008, tentang Keterbukaan Informasi Publik, Kantor Kesehatan Kelas II Balikpapan meluncurkan Webasite resminya yaitu : www.kkpbalikpapan.or.id dan diresmikan oleh Sekretaris Direktorat Jenderal PP & PL dr.H.M. Subuh MPHM. Pada tanggal 06 Juli 2013.

Pelatihan diberikan kepada  para penjamah makananan dengan tujuan untuk meningkatkan pengetahuan dan kesadaran penjamah makanan akan pentingnya pengolahan makanan yang hygienis dan saniter berdasarkan enam prinsip sanitasi makanan yang meliputi Pemilihan bahan makanan, penyimpanan bahan makanan,Pengolahan makanan, Penyimpanan makanan, Pengangkutan makanan dan Penyajian makanan berdasarkan Kepmenkes nomor 1098/Menkes/SK/VII/2003.

Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan Nomor: KP.02.06/VII.9/100/2013 Tentang Pembentukan Klinik VCT dan IMS Tahun 2013, maka terbentuklah Klinik VCT dan Klinik IMS di Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan yang bekerjasama dengan Global Fund ATM komponen AIDS kota Balikpapan.

HIV/ AIDS merupakan masalah kesehatan masyarakat yang memerlukan penanganan penanganan yang komprehensif dari berbagai pihak. Di lingkungan pelabuhan merupakan salah satu wilayah yang potensial dalam penyebaran HIV / AIDS. KKP Kelas II Balikpapan ikut ambil bagian dalam pengendalian penyakit yang satu ini dan upaya yang dilakukan sebatas upaya promotif dan Preventif.

Kondisi gawat darurat medic merupakan salah satu masalah kesehatan yang mulai sering timbul. Meningkatnya penyakit tidak menular (khususnya cardiovaskuler), kecelakaan di tempat kerja, kecelakaan lalu lintas dan kecelakaan alat angkut lain acapkali menelan korban jiwa.

Pada hari Jum’at, 22 Maret 2013 menjadi hari bersejarah bagi Kantor Kesehatan Pelabuahan Kelas II Balikpapan. Peresmian Gedung Baru Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) Kelas II Balikpapan beralamat di Jalan Pelita Sepinggan Raya, dilakukan melalui penguntingan pita oleh Ibu Menteri Kesehatan  RI Dr.Nafsiah Mboi, SpA, M.P.H  didampingi Gubernur Kalimantan Timur Dr. Awang Faroek Ishak dan Kepala Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan Sabilal Rasyad, SKM, M.Kes.

Pada tanggal 16 Januari 2013 di Hotel Grand Senyiur, dilaksanakan Kegiatan Deklarasi Dukungan Penerapan Kawasan Sehat Tanpa Rokok (KSTR) 100% di Kalimantan Timur oleh Gubernur Kalimantan Timur disaksikan oleh Menteri Kesehatan RI dan dilanjutkan pertemuan dengan Bupati dan walikota se Kalimantan Timur serta serta jajaran kesehatan se Kalimantan Timur yaitu Dinas Kesehatan Provinsi, Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota, Kepala Kantor Kesehatan Pelabuhan, Direktur Poltekes Kemenkes, Direktur Rumah Sakit Pemerintah dan swasta dan Organisasi Profesi Kesehatan.