Keberadaaan Kantor Kesehatan Pelabuhan Balikpapan sejak tahun 1959, dimana pada tahun itu masih mempunyai nama Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut dan Udara (DKPL/U). Ruang kerja atau bangunan gedung masih berada di lingkungan RSU Umum Balikpapan (sekarang PUSKIB) Jl. A. Yani Balikpapan. DKP masih menjadi bagian RSU Balikpapan selain Dinas Kesehatan Kota dan DOKABU (dokter pembantu kabupaten). DKPL pada waktu itu dipimpin oleh dokter Rumah Sakit. Pada tahun 1959 sampai dengan 1962 DKPL/U Balikpapan mempunyai 3 (tiga) orang staf terdiri dari 1 (satu) orang dokter RSU selaku pimpinan, 1 (satu) orang pemelihara kesehatan RSU (penilik kesehatan) dan 1 (satu) orang perawat RSU yang keseluruhan merupakan pegawai RSU

Pada tahun 1962 sampai dengan 1964 gedung Dinas Kesehatan Pelabuhan (DKP) bergabung dengan Dinas Kesehatan Kota Balikpapan di wilayah Kebun Sayur (sekarang RS Sayang Ibu). Kemudian dari tahun 1964 sampai dengan 1966 berkantor di rumah pimpinan Dinas Kesehatan Pelabuhan. Pada tahun 1962 DKP mempunyai staf/pelaksana langsung Departemen Kesehatan selain pegawai RSU yang diperbantukan di DKP

Sejak tahun 1966 Dinas Kesehatan Pelabuhan Balikpapan berpisah dengan Dinas Kesehatan Kota dan berkantor di pelabuhan jembatan nol pertamina (sekarang Gedung Kantor Navigasi) Jl. Yos Sudarso yang merupakan bangunan milik pertamina, sebelumnya digunakan sebagai Pos C Angkutan Daerah Militer Tanjung Pura)

Pada tahun 1979 Dinas Kesehatan Pelabuhan Balikpapan berubah menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan Balikpapan Kelas B dan mulai memperluas gedung kantor yang masih berada di tanah/lahan milik Pertamina sampai sekarang.

Pada tahun 1979 Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas B Balikpapan di pimpin oleh seorang dokter yang ditetapkan dan ditempatkan langsung oleh Departemen Kesehatan.

Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas B Balikpapan menjadi KKP Kelas A pada tahun 1985, kemudian berubah menjadi KKP Kelas III tahun 2004 (SK.Menkes 265 tahun 2004) dan menjadi KKP kelas II sejak tahun 2008 (Permenkes RI Nomor 356/Menkes/ IV/2008 tahun 2008) .

Sesuai dengan SK Menkes RI Nomor: 2348/Menkes/Per/XI/2011 tanggal 22 November 2011 tentang perubahan atas Permenkes RI Nomor 356/Menkes/ IV/2008 tanggal 14 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, disebutkan Kantor Kesehatan Pelabuhan adalah Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Kesehatan RI yang bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan.